RGC-ADOA/README.md

RGC-ADOA — OPA1/ADOA 单细胞再分析

OPA1 突变（ADOA）视网膜神经节细胞（RGC）单细胞 RNA-seq 再分析，复现并检验文献（Kang 2026, Sci. Adv.）的核心结论。

目录结构

目录	内容	是否进 git
script/	分析脚本（编号即执行顺序）	✅
doc/	文献精读、分析计划、分析报告	✅
ref/	参考文献 PDF + 补充表格（脚本 08/10/11/13 直接读取）	✅
output/	各步骤结果图/表（CSV + PNG）	✅
data/	原始与中间 .h5ad、GSE292269 原始数据（~26G）	❌ 忽略

多设备接续分析

data/ 目录体积大（~26G），不进 git，换设备继续分析时需单独传输：

# 从本机推送到新设备（或直接 scp/rsync 到服务器）
rsync -avP data/ <user>@<host>:/path/to/RGC-ADOA/data/

拿到 data/ 后，其余一切（脚本、参考表格、历史结果）均随 git clone/git pull 自动同步：

git clone https://gitea.rainotes.top/rain/RGC-ADOA.git
cd RGC-ADOA
# 再把 data/ 放到此处

中间数据链路：01_filtered → 02_clustered → 03_annotated → 04_scored → 05_rgc2sig → 06_inflammation。

只需传输原始数据：中间 .h5ad 均可由 script/ 脚本重建。严格来说只需把 data/GSE292269/（解压后的 raw 矩阵）拷到新设备再按顺序重跑脚本即可；若想跳过某步续跑，再一并拷对应中间文件。完整清单与各步输入输出见 data/README.md（该文件随 data/ 一起 rsync）。