# RGC-ADOA — OPA1/ADOA 单细胞再分析

OPA1 突变（ADOA）视网膜神经节细胞（RGC）单细胞 RNA-seq 再分析，复现并检验文献（Kang 2026, *Sci. Adv.*）的核心结论。

## 目录结构

| 目录 | 内容 | 是否进 git |
|------|------|-----------|
| `script/` | 分析脚本（编号即执行顺序） | ✅ |
| `doc/` | 文献精读、分析计划、分析报告 | ✅ |
| `ref/` | 参考文献 PDF + 补充表格（脚本 08/10/11/13 直接读取） | ✅ |
| `output/` | 各步骤结果图/表（CSV + PNG） | ✅ |
| `data/` | 原始与中间 `.h5ad`、GSE292269 原始数据（~26G） | ❌ 忽略 |

## 多设备接续分析

`data/` 目录体积大（~26G），**不进 git**，换设备继续分析时需单独传输：

```bash
# 从本机推送到新设备（或直接 scp/rsync 到服务器）
rsync -avP data/ <user>@<host>:/path/to/RGC-ADOA/data/
```

拿到 `data/` 后，其余一切（脚本、参考表格、历史结果）均随 `git clone`/`git pull` 自动同步：

```bash
git clone https://gitea.rainotes.top/rain/RGC-ADOA.git
cd RGC-ADOA
# 再把 data/ 放到此处
```

中间数据链路：`01_filtered` → `02_clustered` → `03_annotated` → `04_scored` → `05_rgc2sig` → `06_inflammation`。

> **只需传输原始数据**：中间 `.h5ad` 均可由 `script/` 脚本重建。严格来说只需把 `data/GSE292269/`（解压后的 raw 矩阵）拷到新设备再按顺序重跑脚本即可；若想跳过某步续跑，再一并拷对应中间文件。完整清单与各步输入输出见 `data/README.md`（该文件随 `data/` 一起 rsync）。