MitoCarta3.0(小鼠)结构化提取
来源:ref/Mouse.MitoCarta3.0.xls(Broad Institute MitoCarta3.0,Rath et al. 2021, NAR)。
由 script/18_mitocarta_extract.py 生成,勿手改。
| 文件 | 内容 |
|---|---|
Mouse_MitoCarta3.0_genes.csv |
1140 个线粒体定位基因:Symbol、亚线粒体定位(Matrix/MIM/MOM/IMS)、所属 MitoPathways、证据 |
MitoPathways.csv |
149 条通路 + 层级(L1/L2/L3)+ 基因数 |
MitoPathways_long.csv |
基因 × 通路长表,1037 个基因 |
MitoPathways.gmt |
全层级 term 的 GMT,供 gseapy prerank |
MitoPathways_L1.gmt |
7 个一级大类 GMT,供模块打分 |
与本项目分析的直接衔接:
- 模块打分可用 L1/L2 级基因集(如 OXPHOS > Complex I)替代 P0/P1 手工整理的 ETC/CI 列表做敏感性核对;
- GSEA prerank 可用
MitoPathways.gmt补充 Hallmark 覆盖不到的线粒体特异通路 (mtDNA maintenance、mito-ribosome、Fe-S cluster、mitophagy 等); - 基因 Symbol 为小鼠原始大小写,与本项目 var_names 直接兼容(已核实分隔符为 ", ")。